熊本の第三セクター・南阿蘇鉄道は、旅客運賃の上限変更認可申請を2026年8月6日に九州運輸局へ行った。実施予定日は2026年10月1日で、申請した改定率は普通運賃で平均18.8%、通学定期で平均23.4%。実際に収受する実施予定の運賃では、初乗りが180円から190円、全線の最長区間は490円から550円になる見込み。消費税率引き上げに伴うものを除くと、運賃改定は1997年2月以来約29年ぶりとなる。トロッコ列車などの座席指定料金は2027年3月1日の改定予定で、今期の運行は現行料金のまま。1日フリーきっぷ（1,200円）は改定されない。

沿線人口の減少などで輸送人員がピーク時の約55%まで減る中、資材・燃料費・労務費の上昇が続いており、車両更新や安全対策、人材確保の財源を確保するためとしている。